Here are some recommendations that I found surfing:

http://www.hotspot-locations.de/modules.php?name=HotSpots&op=hotspot_query&hsl_countryhs=DE&hs_state=&hs_city=berlin&hs_operator=&hsl_type=BarCafe&hs_access_box=on&search=Suchen

Individual places:

All Starbucks in Berlin: Hackescher Markt, Alexanderplatz, etc.

St.Oberholz (Rosenthaler Platz)
Aufsturz (Oranienburger Strasse)
Macondo and Szimpla (Boxhagener Platz)
Kaffee und Tee and Sanatorium 23 (Frankfurter Allee)
Manolo (Eberswalder strasse)